Iako su u Panami postojali secesionistički pokreti kada je tijekom 19. stoljeća bila dio Kolumbije, nije postojala priznata panamska zastava. Godine 1903., kad je senat Kolumbije odbio predloženi sporazum sa Sjedinjenim Državama koji bi osigurao izgradnju Panamskog kanala, Amerikanci su pomogli panamskom pokretu za neovisnost i formirana je Republika Panama.
U početku je predložen dizajn zastave koji je koristio boje kolumbijske zastave. Sastojao se od jednakih vodoravnih pruga crvene i žute boje s plavim kantonom koji je nosio dva povezana žuta sunca, simbolizirajući povezivanje dviju polovica planeta s budućim Panamskim kanalom. Dizajn zastave koji je konačno odabran postao je službeni 4. srpnja 1904.; bilo je podijeljeno tromjesečno s dvije zvijezde. Pripisana simbolika bila je izmjena dviju glavnih političkih stranaka u vladi (u početku je crvena bila za liberale, plava za konzervativce, a bijela za mir među njima), iako su boje i zvijezde jasno nagovještavale utjecaj zastave Sjedinjene Države. Panamsku zastavu dizajnirao je Manuel E. Amador, sin prvog predsjednika nove republike.
