Roderick MacKinnon, (rođen 19. veljače 1956., Burlington, Massachusetts, SAD), američki liječnik, glavni pokretač Nobelove nagrade za kemiju 2003. godine za svoje pionirsko istraživanje ionskih kanala u staničnim membranama. Nagradu je podijelio s Peterom Agreom, također iz Sjedinjenih Država.
MacKinnon je stekao titulu doktora medicine na Medicinskom fakultetu Sveučilišta Tufts 1982. Nakon nekoliko godina bavljenja medicinom, prešao je na osnovna istraživanja, počevši 1986. postdoktorskim radom na ionskim kanalima na Sveučilištu Brandeis. 1989. pridružio se Sveučilištu Harvard, a 1996. prešao je na Sveučilište Rockefeller kao profesor i voditelj laboratorija. Godinu dana kasnije imenovan je istražiteljem na Rockefellerovom medicinskom institutu Howard Hughes.
Posebno su važni za živčani sustav i srce, ionski kanali su specijalizirani otvori u staničnim membranama koji omogućuju ionima, kao što su kalij i natrij, da lako ulaze u stanice i iz njih; slične građevine postoje i za prolazak vode. MacKinnonov revolucionarni rad usredotočio se na "filtre" u kanalima koji su prošli jednu vrstu iona dok su blokirali druge. Da bi razumio kako ovi filtri rade, dobio je oštrije slike kanala pomoću rendgenske difrakcije. 1998. odredio je trodimenzionalnu molekularnu strukturu ionskog kanala. Kanal, otkrio je MacKinnon, ima arhitekturu veličine na način da lako odstranjuje kalijeve ione - ali natrijeve ione - povezanih molekula vode i omogućava im da se provuku. Također je pronašao molekularni "senzor" na kraju kanala najbližeg unutrašnjosti stanice koji reagira na uvjete oko stanice, šaljući signale koji otvaraju i zatvaraju kanal u odgovarajuće vrijeme. Njegov pionirski rad omogućio je znanstvenicima da razvijaju lijekove za bolesti u kojima ionski kanali igraju ulogu.
