Razvoj cjepiva
Početkom 1870-ih Pasteur je već stekao značajan ugled i poštovanje u Francuskoj, a 1873. izabran je za pridruženi član Académie de Médecine. Unatoč tome, medicinski je ured oklijevao prihvatiti njegovu teoriju klica, prvenstveno zato što potječe od kemičara. Međutim, tijekom sljedećeg desetljeća Pasteur je razvio cjelokupni princip cijepljenja i pridonio utemeljenju imunologije.
Pasterovo prvo važno otkriće u istraživanju cijepljenja stiglo je 1879. godine i odnosilo se na bolest zvanu pileća kolera. (Danas su bakterije koje uzrokuju bolest klasificirane u rod Pasteurella.) Pasteur je rekao: "Šansa favorizira samo pripremljeni um", i bilo je slučajno promatranje kroz koje je otkrio da su kulture pileće kolere izgubile svoju patogenost i zadržale se "prigušeno" patogenih karakteristika tijekom mnogih generacija. Inokulirao je piliće u oslabljenom obliku i pokazao da su pilići otporni na potpuno virulentni soj. Od tada je Pasteur sav svoj eksperimentalni rad usmjerio prema problemu imunizacije i primijenio ovaj princip na mnoge druge bolesti.
Pasteur je počeo istraživati antraks 1879. Tada je epidemija antraksa u Francuskoj i nekim drugim dijelovima Europe usmrtila veliki broj ovaca, a bolest je napala i ljude. Njemački liječnik Robert Koch najavio je izolaciju bacila antraksa, što je Pasteur potvrdio. Koch i Pasteur su neovisno pružili konačne eksperimentalne dokaze da je bacil antraksa doista odgovoran za infekciju. To je čvrsto utvrdilo klice teorije bolesti, koja se tada pojavila kao temeljni koncept na kojem se temelji medicinska mikrobiologija.
Pasteur je želio primijeniti princip cijepljenja na antraks. Pripremio je oslabljene kulture bakterija nakon što je utvrdio uvjete koji su doveli do gubitka virulencije u organizmu. U proljeće 1881. godine dobio je financijsku potporu, uglavnom od poljoprivrednika, kako bi proveo opsežni javni eksperiment imunizacije antraksom. Eksperiment se odigrao u Pouilly-le-Fort, smještenom na južnom periferiji Pariza. Paster je imunizirao 70 domaćih životinja, a eksperiment je bio potpun uspjeh. Postupak cijepljenja uključivao je dvije inokulacije u razmacima od 12 dana cjepivima različite potencije. Jedno cjepivo, iz kulture sa malo virulencije, dato je polovici ovaca, a slijedilo je drugo cjepivo iz više virulentne kulture od prvog. Dva tjedna nakon ovih početnih cijepljenja, cijepljene i kontrolne ovce inokulirane su virulentnim sojem antraksa. Za nekoliko dana sve su kontrolne ovce uginule, dok su sve cijepljene životinje preživjele. To je mnoge uvjerilo da Pasterov rad doista vrijedi.
Nakon uspjeha eksperimenta cijepljenja antraksa, Pasteur se usredotočio na mikrobno porijeklo bolesti. Njegovo istraživanje životinja zaraženih patogenim mikrobima i njegovo proučavanje mikrobnih mehanizama koji uzrokuju štetne fiziološke učinke na životinjama učinili su ga pionirom na polju infektivne patologije. Često se kaže da je engleski kirurg Edward Jenner otkrio cijepljenje i da je Pasteur izumio cjepiva. Zapravo, gotovo 90 godina nakon što je Jenner pokrenuo imunizaciju protiv malih boginja, Pasteur je razvio drugo cjepivo - prvo cjepivo protiv bjesnoće. Odlučio je napasti problem bjesnoće 1882. godine, godine kada ga je primio u Académie Française. Bjesnoća je bila strašna i užasna bolest koja je stoljećima fascinirala narodnu maštu zbog svog tajanstvenog porijekla i straha koji ga je stvorila. Osvajanje bi to bilo Pasterovo konačno nastojanje.
Paster je posumnjao da je uzročnik bjesnoće mikrob (kasnije je otkriveno da je virus, neživo tijelo). Bilo je premalo da bi se moglo vidjeti pod Pasterovim mikroskopom, pa je tako eksperimentiranje s bolešću zahtijevalo razvoj potpuno novih metodologija. Pasteur je odlučio izvesti svoje eksperimente pomoću kunića i prenosio infektivno sredstvo sa životinje na životinju intracerebralnim inokulacijama dok ne dobije stabilan pripravak. Kako bi ublažio nevidljivi uzročnik, isušio je kralježnične moždine zaraženih životinja sve dok pripravak nije postao gotovo nepristojan. Kasnije je shvatio da je, umjesto da stvori oslabljeni oblik sredstva, njegovo liječenje zapravo neutraliziralo. (Pasteur je shvatio da neutralizirajući učinak djeluje kao ubojstvo na sredstvo, budući da je sumnjao da je sredstvo živi organizam.) Stoga je, nesvjesno, proizveo, umjesto oslabljenih živih mikroorganizama, neutralizirano sredstvo i otvorio put za razvoj druge vrste cjepiva, poznatih kao inaktivirana cjepiva.
6. jula 1885. Pasteur je cijepio Josepha Meistera, devetogodišnjeg dječaka kojeg je ugrizao bijesni pas. Cjepivo je bilo toliko uspješno da je Pasteru donijelo trenutnu slavu i slavu. Stotine drugih žrtava ujeda nakon toga spasilo se Pasterovim cjepivom i započela je era preventivne medicine. Za izgradnju Pasteur instituta u Parizu pokrenuta je međunarodna kampanja za prikupljanje sredstava, čija se inauguracija dogodila 14. studenog 1888. godine.
