Trentinsko vijeće.
U svibnju 1536. papa Pavao objavio je saziv da se njegov predloženi sabor održi u Mantui. Ovlastio je i odabranu skupinu kardinala da sastavi izvještaj o zlostavljanjima u crkvi. Vođena kardinalom Gasparom Contarinijem, ova je grupa zanijekala zaređivanje slabo pripremljenih svećenika, odabir nesposobnih biskupa, gomilanje dobročinstava i dekadenciju redovničkih redova, propovijedanje i brigu o dušama. Izvještaj je, međutim, pao u protestantske ruke i Luther ga je koristio u nasilnom napadu na rimsku crkvu i papinstvo. Papa je ipak slijedio svoje planove za održavanje sabora, koji je trebao biti otvoren 23. svibnja 1537. u Mantui. Uz beskonačno strpljenje, Pavao je pokušao pobijediti protivljenje cara, kraljeva, prelata i knezova, prorokujući i odgađajući otvaranje vijeća ponovno i ponovno tijekom devet godina, ali napokon uspjevši da ga je inaugurirao njegov legat, kardinal Giovanni del Monte, u Trentu 13. decembra 1545.
U znak naklonosti protestantima, car je inzistirao da se vijeće uglavnom ograniči na disciplinu i reforme. Ipak, prevladala je Papina odluka da se doktrinarnim stvarima daje prednost, a na svojim ranim sjednicama Trentinsko je vijeće donijelo dekrete o kanonu Svetoga pisma, izvornom grijehu, opravdanju i sakramentima, kao i o reformi. Strahovi od kuge i prijetnja napadom naoružanih protestantskih snaga prisilili su papu da prihvati prenošenje vijeća u Bolognu u veljači 1548. No, car je španjolskim i njemačkim prelatima zabranio odlazak u Bolognu, a papa je morao suspendirati Vijeće 17. rujna 1549. Ipak, prva faza Trentinskog vijeća postigla je značajan korak naprijed, što je dovelo do temeljite reforme crkvenog učenja i discipline.
Papa Pavao je tijekom svoga pontifikata često posjećivao problematična mjesta u Papinskim državama i šire. Bio je u Civitavecchiji 1535. i 1537.; posjetio Luccu i Piacenzu na putu za Nicu 1538; pojavio se u Perugiji radi umirenja grada nakon što su njegove snage 1540. srušile moć obitelji Colonna; a 1543. posjetio je Bolognu na putu za Busseto kako bi se upoznao sa carem.
