Kad su Sovjeti došli na vlast u zapadnom Turkestanu, obećavajući jednakost i razvoj za sve etničke skupine, Kirgizanci su dobili svoju autonomnu regiju 1924. 1926. godine je podignuta u status autonomne republike, a 1936. postala je unija republika unutar SSSR-a Kirgizski SSR 1953. godine usvojio je modificiranu verziju sovjetskog Crvenog transparenta dodavanjem bijele obrubljene plave vodoravne pruge kroz sredinu. Nakon što je Kirgistan objavio svoju neovisnost 31. kolovoza 1991. godine, nastavio je koristiti svoju sovjetsku zastavu do 3. ožujka 1992. godine.
Pozadina nove zastave, koja se i danas koristi, također je crvena, ali to je rečeno da potječe iz zastave koju je nosio kirgijski nacionalni heroj, Manas Plemeniti. U središtu zastave je žuto sunce s 40 zraka, što odgovara sljedbenicima Manasa i plemena koja je ujedinio; njegovi daljnji simbolički atributi su svjetlost, plemenitost i vječnost. Na tom suncu je crveno-žuti amblem s dva prekrižena skupa od po tri retka, sve unutar prstena. Ovo je stilizirani pogled na krov tradicionalnog kirgiškog doma, jurta. Malo je Kirgistana koji i dalje žive u jurtama, ali do sredine 20. stoljeća većina ovog nomadskog naroda postavila je yurte gdje god su putovali. Simbolički smisao ovog dizajna je razrađen: zakon zastave govori o podrijetlu života, jedinstvu vremena i prostora, povijesti kirgiskog naroda, solidarnosti, ognjištu i domu.
