Michael Haydn, u potpunosti Johann Michael Haydn (kršten 14. rujna 1737., Rohrau, Austrija - umro 10. kolovoza 1806., Salzburg), jedan od najcjenjenijih skladatelja crkvene glazbe kasnog 18. stoljeća. Bio je mlađi brat Josepha Haydna.
Poput svog brata, Michael Haydn postao je zborovođa u katedrali svetog Stefana u Beču, tamo je dobio svoje rano glazbeno podučavanje. Otpušten je iz zborske škole kada mu se glas slomio, a tada je stekao nesiguran život kao slobodni glazbenik. 1757. postao je kapellmeister biskupa Grosswardeina u Ugarskoj (danas Oradea, Rom.), A 1762. postao je koncertni upravitelj nadbiskupa Salzburga. Ostao je u Salzburgu kao voditelj koncerata do kraja života i naslijedio Wolfganga Amadeusa Mozarta kao orguljaša katedrale 1781. godine.
Tijekom svog života Michael Haydn smatran je boljim skladateljem crkvene glazbe od svog brata. Od mnogih masa koje je napisao Missa a due cori (poznata i kao Missa Hispanica; 1786) izvanredno je djelo za orkestre i vokalne soliste, a njegov Requiem iz 1771. utjecao je na Mozartov vlastiti čuveni Requiem iz 1791. Haydn je napisao i brojne simfonije, divertimenti i druge svjetovne kompozicije. Mozartov prijatelj bio je intiman prijatelj (koji je napisao svoje violinsko-violinske duete da bi ispunio zapovijed Haydn je bio previše bolestan da bi ga ispunio) i bio je učitelj Carla Maria von Webera. Nakon njegove smrti, Haydnova reputacija pretrpjela je dugo pomračenje, a tek nakon Drugog svjetskog rata njegove su zasluge ponovno priznate.
