Zastavu je usvojilo Teritorijalno vijeće 1967. Njegove nejednake okomite pruge nazivaju se "kanadska blijeda", jer odgovaraju onima u kanadskoj nacionalnoj zastavi. (U heraldici je blijeda središnja okomita pruga na štitu, koja obično pokriva jednu trećinu ili manje površine.) Zelena pruga u zastavi Yukon odnosi se na teritorijalne šume, dok je plava za rijeke i jezera; bijeli je za arktički snijeg. Središnji grb je službeni grb Yukon, koji je teritoriju dodijeljen 24. veljače 1956. kraljevskim nalogom. Ovaj je grb dizajnirao zapovjednik Alan B. Beddoe, dok je zastava bila koncept g. Lynn Lambert, studentice iz Haines Junction-a.
Na grbu grba nalazi se pas Malamute, koji se široko koristio u otvaranju područja bogatih mineralima Yukon u europsko prebivalište. Valovita okomita pruga na štitu stoji za rijeku Yukon, crveni trokuti sugeriraju planine, a zlatni diskovi odnose se na zlato i druge minerale. Križ svetog Jurja (u Engleskoj), plus heraldički simbol za krzno i teritorijalni cvijet (krijesnica), upotpunjuju dizajn grba.
