Neovisnost za Srednju Ameriku prvo je proglašena 15. rujna 1821., ali je Meksiko tada podčinio to područje na dvije godine. Zastava novoovisnih Sjedinjenih provincija Srednje Amerike usvojena je 21. kolovoza 1823. godine, a sastojala se od plavo-bijelo-plavih pruga s državnim grbom u sredini. Ove ruke uključuju u osnovi iste elemente dizajna koji Nikaragva koristi danas. Čak i nakon što je pet država članica federacije postalo neovisnim zemljama, Nikaragva je nastavila podizati staru zastavu. Napokon, 1854. godine odabran je novi vodoravni nikaragvanski trobojnik žuto-bijelo-škrlat, ali nije dugo letio. Građanski rat i intervencija sjevernoameričkih filibustera (vojnih avanturista) nakon toga su rezultirali nizom zastava i brzo ih zamijenili.
Godine 1908. stara je zastava Saveza uklonjena kao nacionalni zastava Nikaragve, s odgovarajućim preinakama na grbu. Taj osnovni dizajn, s daljnjim izmjenama grba, potvrđen je zakonom od 27. kolovoza 1971. godine, iako je crveno-crni vodoravni dvoboj pokreta Sandinista de facto bio sekundarna državna zastava tijekom godina vladavine Sandinista (1979. -90). Grb na zastavi sadrži trokut za jednakost, kapu za slobodu i pet vulkana između dva oceana, simbolično za pet izvornih država Srednje Amerike između bazena Atlantika i Tihog oceana.
