Japanska pravoslavna crkva, autonomno tijelo Istočne pravoslavne crkve, u kanoničkoj je vezi s Moskovskim patrijarhatom, što potvrđuje izbor tokijskog metropolitana. Japanska pravoslavna crkva nastala je naporima izvanrednog misionara Nikolaja Kasatkina (1836–1912), koji je postao prvi pravoslavni nadbiskup Japana i kanoniziran svetac 1970. godine.
Od početka misije (1872.), crkva nikada nije bila ovisna o stranom misionarskom osoblju. Japanski svećenici zaređeni su nakon školovanja u sjemeništu u Tokiju, a skup svećenstva i laika potpuno kontrolira poslove crkve. Ovaj autohtoni karakter japanskog pravoslavlja omogućio mu je da preživi nekoliko političkih suđenja i razdoblja izolacije, poput Rusko-japanskog rata i dva svjetska rata. Između 1945. i 1970. crkva je bila pod crkvenom jurisdikcijom Ruske metropolije Amerike. 1970. dobio je stalni autonomni statut od moskovskog patrijarhata, njegove crkve. Pravoslavna katedrala u Tokiju - nazvana Nikolay Cathedral, zbog svog osnivača, Nikolay Kasatkin - jedna je od najvećih vjerskih građevina u japanskoj prijestolnici. Crkva, koja broji oko 30 000 članova, ima biskupije u Tokiju, Kijetu i Sendai.
