Hermann Joseph Muller (rođen 21. prosinca 1890., New York, NY, SAD - umro 5. aprila 1967, Indianapolis, Indija), američki genetičar koji je najbolje zapamtio po svojim demonstracijama da mutacije i nasljedne promjene mogu biti uzrokovane X zrakama koje udaraju geni i kromosomi živih stanica. Njegovo otkriće umjetno izazvanih mutacija u genima imalo je dalekosežne posljedice, a 1946. dobio je Nobelovu nagradu za fiziologiju ili medicinu.
Muller je pohađao Sveučilište Columbia od 1907 do 1909. Na Columbiji je zanimanje za genetiku najprije pokrenuo EB Wilson, utemeljitelj staničnog pristupa nasljeđu, a kasnije i TH Morgan, koji je upravo predstavio voćnu muhu Drosophila kao oruđe u eksperimentalnom genetika. Mogućnost svjesnog usmjeravanja evolucije čovjeka bio je početni motiv Mullerovog znanstvenog rada i društvenih stavova. Njegovo rano iskustvo u Columbiji uvjerilo ga je da je prvi potrebni preduvjet bolje razumijevanje procesa nasljeđivanja i varijacije.
Laboratorijski asistent u zoologiji 1912. godine omogućio mu je da dio svog vremena provede istražujući na drozofili u Columbiji. Izveo je niz radova, sada klasičnih, o mehanizmu prelaska gena dobivši doktorat. 1916. Njegova disertacija utvrdila je princip linearne povezanosti gena u nasljednosti. Rad grupe Drosophila na čelu s Morganom sažeo je 1915. godine u knjizi Mehanizam mendelijske nasljednosti. Ova je knjiga kamen temeljac klasične genetike.
Nakon tri godine boravka u Institutu Rice, Houston, Teksas, i interludu u Columbiji kao instruktor, Muller je 1920. godine postao izvanredni profesor (kasniji profesor) na Sveučilištu u Teksasu, Austin, gdje je ostao do 1932. 12 godina koje je proveo u Austinu bili su znanstveno najproduktivniji u Mullerovom životu. Njegove studije procesa i frekvencija mutacija omogućile su Mulleru da stvori sliku rasporeda i rekombinacija gena, a kasnije je doveo do njegove eksperimentalne indukcije genetskih mutacija korištenjem X zraka 1926. Ovo vrlo originalno otkriće utvrdilo je njegov međunarodni ugled kao genetičar i na kraju ga je osvojio Nobelovu nagradu. U ovom je trenutku Muller uspio pokazati da su mutacije rezultat kršenja kromosoma i promjena u pojedinim genima. Godine 1931. izabran je u Američku nacionalnu akademiju znanosti.
Nakon živčanog sloma 1932. zbog osobnih pritisaka, Muller je proveo jednu godinu na Institutu Kaiser Wilhelm (sada Max Planck) u Berlinu, gdje je istraživao različite fizičke modele za objašnjenje mutacija u genima. Godine 1933. preselio se u Lenjingrad (sada Sankt Peterburg), a potom u Moskvu na poziv NI Vavilova, predstojnika tamošnjeg Instituta za genetiku. Muller je bio socijalist, pa je Sovjetski Savez na početku gledao kao progresivno, eksperimentalno društvo koje je moglo istražiti važna istraživanja u genetici i eugenici. Ali u to su vrijeme lažne doktrine biologa TD Lysenko postale politički moćne, čime su privedena kraju valjana sovjetska znanstvena istraživanja iz genetike.
Muller se borio protiv lisenkoizma kad god je to bilo moguće, ali na kraju je morao napustiti Sovjetski Savez 1937. Proveo je tri godine na Institutu za genetiku životinja u Edinburghu, a povratak u Sjedinjene Države u kolovozu 1940. Po povratku u Sjedinjene Države Muller je dobio privremene pozicije na koledžu Amherst u Massachusettsu (1941–45) i, na kraju, profesora zoologije (1945–67) na sveučilištu Indiana, Bloomington.
Dodjela Nobelove nagrade za Mullera 1946. povećala je njegove mogućnosti za javno oglašavanje jednog od njegovih glavnih problema - opasnosti koje su predstavljale nagomilavanje spontanih mutacija u ljudskom genskom bazenu kao rezultat industrijskih procesa i zračenja. Bio je najvažniji u promicanju svijesti javnosti o opasnostima zračenja za buduće generacije. Također se aktivnije uključio u rasprave o opuštenim procesima prirodne selekcije koji djeluju u suvremenom društvu, a dao je i kontroverzan prijedlog da se sperma nadarenih muškaraca zamrzne i sačuva kao dio svrhovitog programa eugenike za buduće generacije.
