U 20. stoljeću dva teritorija konačno povezana u Papui Novoj Gvineji upravljali su Nijemci, Britanci i Australci. Kolonijalne vlade nisu imale službene simbole od lokalnog značaja, iako je predloženi grb za Njemačku Novu Gvineju - koji nikada nije usvojen zbog sudjelovanja Njemačke u Prvom svjetskom ratu - sadržavao rajsku pticu. Godine 1962. lokalna zastava također je uklopila rajske ptice. Taj originalni dizajn, koji koristi sportski tim, bio je zelene boje i imao je naturalistički raspored ptica u blizini dizalice. Kasnije je kolonijalna uprava razvila vertikalnu trobojnicu plavo-žuto-zelene kao moguću buduću nacionalnu zastavu. Južni križ pojavio se u obliku pet bijelih zvijezda na pruzi, a na zelenoj pruzi bio je predstavljen bijeli ptičji silueta. Zvijezde su podsjećale na one u australskoj nacionalnoj zastavi.
Otočani nisu bili oduševljeni prijedlogom, ali vlada je dobila nacrt dizajna od mlade studentice Susan Karike koja je našla široku podršku. Rajska ptica i zviježđe zadržane su, iako je prva bila žuta umjesto bijele. Pozadina zastave bila je radikalno promijenjena: odabrane su dvije boje, crvena i crna, jer su vrlo izražene u lokalnoj umjetnosti i odjeći. Dijagonalna podjela dala je bolju ravnotežu dizajnu i učinila zastavu jedinstvenom. Nacionalni parlament priznao je zastavu 11. ožujka 1971., a njezino se korištenje proširilo i na brodove registrirane u Papui Novoj Gvineji kada je zemlja postala neovisna 16. rujna 1975. godine.
