Tradicionalno se vjeruje da je zvuk groma u mnogim planinama i dolinama Butana glas zmajeva, a zemlja je na svom maternjem jeziku poznata kao "Zemlja gromoglavog zmaja". Međutim, na dizajn zmajeve zastave možda su utjecali slični dizajni koje stoljećima koriste susjedni Kinezi. Zmaj u svojim kandžama hvata dragulje, stojeći za nacionalno bogatstvo i savršenstvo. Zmaj, koji je u početku bio zeleni, sada je bijeli, što simbolizira čistoću i odanost različitih etničkih grupa unutar zemlje. Žuto-narančasta boja, koju butanska vlada službeno opisuje kao žuta, simbol je kraljeve moći kao šefa svjetovne vlade, dok je narančasto-crvena povezana s Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) i Rnying-ma-pa (Nyingmapa) budističke sekte i uz vjersku predanost nacije.
Točan datum uvođenja ove zastave nije poznat, ali moglo se dogoditi 1971. godine kada se Butan pridružio Ujedinjenim narodima. Do 1960-ih Butan je uglavnom bio zatvoren za vanjski svijet; vanjske odnose provodili su preko Ujedinjenog Kraljevstva (1910.-49.) i Indije (od 1949. do 1960.). Izolacija Butana i nedostatak morske obale strogo su ograničili okolnosti pod kojima je potrebna državna zastava.
