Treće dvorište
Kanopirana vrata Felicity-a vode do trećeg dvorišta, odnosno najdubljeg dvorišta, u kojem je bila smještena privatna rezidencija sultana i unutarnja škola palača. Mogli su ući samo sultan, članovi njegove obitelji, njegove sluge i povremeni odobreni posjetitelj. Posjetitelji sultana mogli su otići samo do publike i od njih se očekivalo da slijede stroge običaje. Nisu mogli uspostaviti kontakt očima ili razgovarati izravno sa sultanom, već bi spuštali glavu, bacili pogled prema dolje i razgovarali sa prevoditeljem sultana.
Prije nego što je Murad III preselio svoju rezidenciju u harem u 16. stoljeću, sultanovi su se stanovi nalazili u trećem dvorištu zgrade koja se često naziva Komora svetih relikvija. Ime potječe od njegove uloge skladišta islamskih relikvija, uključujući plašt, mač i luk proroka Muhameda, a sve su to dobili kada je Selim I 1517. godine pokorio dinastiju Mamlūk u Egiptu, prenoseći kalifat Osmanlijama.
Spavaonice kraljevskih stranica, koje su bile dio hijerarhije slugu sultanu, također su smještene u trećem dvorištu. Većina stranica su regrutovani kao dječaci iz osvojene kršćanske populacije putem devşirme sustava, u kojem su dječaci bili uklonjeni iz svojih obitelji kao oblik poreza ili danaka. Nakon što su dobili nova imena i prešli u islam, najsjajnijim dječacima dodijeljene su određene uloge i stekli su strogo obrazovanje uz zaradu. Slijedili su meritokratiju i mogli steći tako visoke položaje kao veliki vezir, ali mnogi su muškarci oslobođeni u dobi od 25 godina i vjenčali su se s djevojkom iz harema ili kćeri sultana. Spavaonice kraljevskih stranica sada pohranjuju dijelove carskih zbirki. Portreti sultana, na primjer, nalaze se u spavaonici tajne komore, a carska garderoba nalazi se u spavaonici kampanja. Mnogi predmeti iz obje zbirke pokazuju vještinu palačarevih zanata, kao i promjene u tehnici i modi. Gledatelji mogu vidjeti izraženi pomak u odijevanju u 19. stoljeću, na primjer, kroz garderobu i kolekciju portreta, kada je europska vojna haljina zamijenila sultanov kaftan, a fez zamijenio turbanom.
Jedna od najpoznatijih kolekcija palače je kolekcija carskih dragulja, smještena u Paviljonu osvajača, također u trećem dvorištu. Fondovi uključuju takozvani "Spoonmaker's Diamond", jedan od najvećih rezanih dijamanata na svijetu, i smaragdni bodež Topkapı, predmet intrige u filmu o kaparima Topkapi iz 1964. godine. Kao i ostali dijelovi muzejske zbirke, svjedoče kolekcije dragulja na veliko bogatstvo Osmanskog carstva.
Središte trećeg dvorišta zauzima knjižnica sultana Ahmeda III, koja je raskošno uređena poput mnogih zgrada palače obojenim pločicama, vitražima i kapcima s umetkom od matičnjaka i bjelokosti. Zbirka knjiga konsolidirana je s ostalim palačanskim knjigama u 20. stoljeću i premještena je u džamiju Aghasa, koja je najveća džamija u palači i smještena u susjedstvu. Zbirka palače Topkapı sadrži rijetke rukopise, ilustrirane sveske i stare primjerke Kur’ana, koje svi istraživači mogu potražiti u čitaonici.
Četvrto dvorište
Treće dvorište prostire se na četvrto dvorište koje se sastoji uglavnom od terasastih vrtova i paviljona. U njemu se nalaze raskošno uređene Komore obrezivanja, Bagdadski paviljon i Erevanski paviljon. Jedna od najistaknutijih građevina četvrtog dvorišta je čudesan pozlaćeni iftar Pergola, gdje bi sultani brzo probili da ramazan padne ljeti. Mnogi osmanski sultani zanimali su se za cvijeće i vrtlarenje, a četvrti dvorišni vrtovi ispunjeni su tulipanima, baš kao što bi to bili i tijekom osmanske vladavine.
Harem
Harem je bio dnevni boravak sultanove obitelji i bio je strogo podijeljen po spolu. U 16. stoljeću postala je i sultanova rezidencija, kad je Murad III. Tamo sagradio stanove. Kao i ostatak palače, i harem se neprestano obnavljao i rastao prema potrebama. Rezultat je prilično mazelik izgled i mnogo stilova arhitekture.
Da bi ušli ili izašli iz harema, stanovnici su morali proći kroz popločeno dvorište crnih eunuha do Glavnih vrata, koja se nazivaju i Kraljevska vrata. Crni eunusi čuvali su harem i vjerojatno su ih kupili na tržnicama robova u osvojenim zemljama i kastrirali prije puberteta. Poput kraljevskih stranica, eunusi su primali plaću i slijedili meritokraciju, ali za razliku od stranica, samo je nekoliko eunuha ikad oslobođeno. Njihovi dnevni boravci, kao i blagajnička komora i škola knezova okružili su ovo dvorište.
Prošli Glavna vrata su popločeno dvorište Kraljice Majke, najveće i najdruženije dvorište harema. Kraljičina majka bila je središte moći u haremu. Nazvala se valjanim sultanom, bila je glavna supruga čiji se sin popeo na prijestolje. Imala je i značajan utjecaj na sultana, koji bi se svako jutro zaustavljao u njenim središnjim stanovima kako bi je obavijestio o državnim poslovima.
Sultanovi apartmani bili su povezani s majkom kraljice preko bijelog mramornog dvostrukog hamama, turske kupelji. Jedna strana hamama bila je rezervirana za sultana, a druga za žene harema. Ostatak sultanove rezidencije uključuje prijestolsku dvoranu i tri privjetske odaje. Tajna soba Murada III najstarija je i najbolje preživjela građevina u haremu, a dizajnirao ju je jedan od najpoznatijih arhitekata Osmanskog carstva, Sinan. Kupolasti prostor izvrsno je ukrašen pločicama Iznik i kaligrafijom koja recitira stihove iz Kur'ana. Još jednu tajnu sobu, nazvanu Voćna soba, dodao je Ahmed III i neuobičajeno je ukrašen delikatno lakiranim voćem i cvijećem.
Sultanovi sinovi, kćeri, braća i sestre također su živjeli u haremu i zauzimali su jednu od stotina haremovih soba. Paviljoni Blizanci, na primjer, bili su vjerojatno životni prostori sultanovih sinova koji su počinjali u 18. stoljeću.
U haremu su bile i stambene prostorije za ženske sluge, konkubine i glavne sultanove supruge, a sobe su bile dostupne kroz Galeriju Konkurencija izvan Glavnih vrata. Mnoge od tih žena dolazile su kao pokloni ili kupnje na tržnici robova kad su bile djevojke, a poput ostalih slugu palače slijedile su meritokraciju. Poduzimali su poslužne zadatke dok su primali plaću i osposobljavali se ili postali suprugom jednoj od stranica ili suštidnicom sultana. Ako se odluči za suženicu, mlada žena može se povećati u redovima i dobiti bolji smještaj, u osnovi, ako rodi sultana. Da je dijete mužjak koji se popeo na prijestolje, konkubina bi tada zauzela najmoćniji položaj harema kao kraljice majke. Međutim, većina djevojčica iz harema oslobođena je u dobi od 16 ili 17 godina, a vjenčale su se nakon svog treninga.
