Afrička stranka za neovisnost Gvineje i Zelenortskih otoka (PAIGC) pronašla je spremnu podršku u tim portugalskim kolonijama za svoju poruku društvenog i ekonomskog napretka političkom revolucijom. 1961. godine usvojila je zastavu nešto slično onom susjednih neovisnih zemalja Gvineje i Gane, koje su tada raspravljale o budućoj federaciji zapadnoafričkih zemalja. Njihov panafrički crveno-žuto-zeleni pokret za oslobađanje Gvineje Bissau dodao je crnu zvijezdu na pruzi dizalice. Ta pruga i zvijezda geografski su odgovarali zapadnom obalnom području s glavnim gradom Bissauom (odakle je i izvedeno nacionalno ime). Vodoravne pruge na preostalom dijelu zastave i njihove žute i zelene boje otprilike su odgovarali savanama sjevera i šumama juga.
Službeno se govorilo da je crna zvijezda simbol PAIGC-ovog vodstva, a boja se odnosi na afrički narod i njihovu odlučnost da žive u dostojanstvu, slobodi i miru. Žuta je interpretirana kao simbol žetve i ploda rada, kako u poljoprivredi, tako i na drugi način. Green se prisjetio golemih džungla i poljoprivrednih površina koji su osiguravali sredstva za život ogromnoj većini građana. U stranačkoj zastavi ugrađeni su i inicijali PAIGC, izostavljeni kad je proglašena neovisnost 24. rujna 1973. Portugal nije priznao Gvineju Bissau ili njenu zastavu tek nakon vlastite revolucije 1974.; ipak, velik dio Gvineje Bissau već je bio pod nadzorom PAIGC-a i njegove zastave. Cape Verde je na kraju odustao od marksističke politike PAIGC-a i promijenio svoju nacionalnu zastavu, ali Gvineja Bissau zadržala je izvorni dizajn.
