Francuzi su zauzeli malo obalno područje na ulazu u Crveno more tijekom "borbe za Afriku" krajem 19. stoljeća. U to je vrijeme jedina lokalna povijesna zastava bio obični crveni transparent bivšeg sultanata Tajoura.
Naziv za obalno područje, prije nego što je promijenjen u Francuski teritorij Afari i Zemlje, bio je francuski Somaliland. Promjenom političkih prilika u 20. stoljeću rezultiralo je neovisnošću područja kao nove zemlje, koja je dobila ime svog glavnog grada Džibutija. Kao i u mnogim drugim zemljama, zastava političke stranke na kraju je prilagođena da postane nova nacionalna zastava. Trenutna zastava temelji se na dizajnu koji je koristio Oslobodilački front obale Somalija, organizacija udružena u Afričku narodnu ligu za neovisnost. Službeno je podignuta 27. lipnja 1977., kada je postignuta neovisnost.
Džibuti je multietnička država, što se odražava i na dizajn zastave. Issa je podskupina somalijskih, dok su Afar ili Danakil povezani s ljudima koji žive preko granice u Etiopiji; obojica su muslimani. Boja Afar je zelena, simbol je blagostanja. Boja Issa je svijetloplava boja, koja simbolizira more i nebo i odnosi se na boju pozadine državne zastave susjedne Somalije. Osim toga, zastava Džibutija ima trokut koji stoji za jednakost, a njegova bijela boja simbolizira mir. Nosi zvijezdu za jedinstvo, obojenu crveno za neovisnost.
